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化肥　化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到***，造成土壤板结，农植物产量下降。化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。

化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。

、促进土壤微生物活动土壤微生物在有机质转化过程中起着重要的作用，是衡量土壤肥力水平的重要标志之一。如土壤中有机质的矿质化过程，土壤中有机态氮磷的有效化过程，豆科植物生物固氮过程等，都与土壤微生物的作用有关。因此，施用有机肥料一方面增加了土壤有益微生物的数量和种群，另一方面为土壤微生物活动提供了良好的环境条件，使土壤微生物活动显着增强。

生物有机肥相比生物菌肥的优势生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境