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在作物根系旁刨坑后，将菌肥溶液浇入坑内，水渗完后覆土，果树追肥时要在根盘外缘挖施肥沟进行灌根，渗完后即覆土。喷施还可作为追肥的施用方法。先用少量水浸泡4-6小时，然后加水搅拌，搅拌后再用较细的目布或尼龙纱网过滤，将滤液喷在作物叶背和果实上。在整个生长期内，根据作物生长，结合作物营养临界期和大效应期喷施2-3次。好的喷洒时间是黄昏或者阴天没有雨。

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做底肥：在作物播种前，一般每亩用30～40公斤，将微生物菌肥与农家肥、化肥或细土混均后沟施、穴施、撒施，可改善土壤结构，提高养分利用率，预防土传病害的发生。蘸根或灌根：对于黄瓜、番茄、辣椒、茄子等育苗移栽的作物，可在移栽时，每亩用微生物菌肥10～20公斤，兑水3～4倍，进行蘸根或栽后灌于根部，可有效保护根系，阻止病菌侵染，减少土传病害的发生。