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生物菌肥因其用量少可集中施在定植或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。注意施用量不同的农作物不同的生育期，它们所需要的肥量也不同，不能多施也不能少施。应该根据它们所需要的肥比例去施肥，同时还要注意一点，要考虑到土壤中的营养元素，要做好全盘考虑。进行一次测土，按照测土配方进行施肥。

首先，微生物是真正意义上的土壤的“造就师”微生物通过代谢过程中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等酸性物质，促进土壤中微量元素的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。对应于当前土壤中出现的通透性不强、保水保肥性差、地力差等问题，正是受土壤中的团粒结构、有机质、腐殖酸和腐殖质的影响，而这些物质的形成又受土壤中微生物的作用。

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