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危害***健康。大量施用化肥，易使蔬菜中含量超标，而亚与胺类物质结合形成N-基化合物为强致***物质。化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量。化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。总的来讲，微生物菌肥的作用就是***的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。所以，微生物的作用是“作用”于土壤中、“反应”在作物上。如果土壤养分太低，微生物肥料（菌剂）也无回天之力，还得加施有机肥或化肥。

微生物菌剂的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身***无害。大量施用化肥、，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要事情。　盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长***的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施复合微生物肥料和生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。

复合微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮***（菌剂）”、“腐解***（菌剂）”等。复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明用枯草芽孢、地衣芽孢、嗜热脂肪地芽孢生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益数量增加4倍，固氮菌增加39倍，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。