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微生物肥料包括复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指目标微生物经过工业化生产繁殖后，与养分复合的活菌产品；生物有机肥是指以主要动植物残余物(如畜禽粪便、作物秸秆等)为原料，经工业生产使目标微生物增殖，经无害化处理后制成的活菌产品。菌剂与肥料区别在于产品中营养成分和有机物的含量。在使用中，应根据实际需要选择合适的产品。

事实上，防治土壤重茬需要学会使用生物菌肥，科学搭配可以更好地发挥生物菌肥对改善土壤重茬的作用，增加生态有机肥用量；由于有机质能促进土壤团粒结构，保持土壤中团粒结构不减少，提高了肥料利用率。重视微生物菌肥的应用。经过处理后的土壤应及时补充有益微生物，翻耕时，每亩施用生物菌肥，改善土壤微生物环境；翻耕时，可穴施，养护根系，提高抗性。

　　自然发酵过的农家肥需经过相应调节才可进行二次发酵.　　农家肥发酵的作用是很大的，但是在使用的时候也要注意以上的一些事项，使得其作用的发挥能够发挥到.复合微生物肥料、生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而较大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，而达到增产增收的目的。

复合微生物肥料充分将无机肥料、有机肥料和有益微生物三者结合，实现了相辅相存，互相补充，真正的做到1+1+1＞3的作用。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益活性菌。有机质能促进氮磷钾吸收，微生物加速分解有机质，有机质助力微生物繁殖。经常提到的的复合微生物肥料，其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，习惯上把微生物菌剂称为复合微生物肥料，人们俗称为“菌肥”。